MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rahnella sp. Y9602 chromosome

Total Repeats: 86290

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015061	CCG	2	6	50	55	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830734
2	NC_015061	GCA	2	6	72	77	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830734
3	NC_015061	ATA	2	6	224	229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	322830734
4	NC_015061	GCTT	2	8	236	243	0 %	50 %	25 %	25 %	322830734
5	NC_015061	TGC	2	6	272	277	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830734
6	NC_015061	GCA	2	6	290	295	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830734
7	NC_015061	CAGC	2	8	315	322	25 %	0 %	25 %	50 %	322830734
8	NC_015061	CG	3	6	493	498	0 %	0 %	50 %	50 %	322830734
9	NC_015061	GCG	3	9	496	504	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830734
10	NC_015061	TGG	2	6	555	560	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830734
11	NC_015061	CAT	2	6	606	611	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830734
12	NC_015061	GC	3	6	613	618	0 %	0 %	50 %	50 %	322830734
13	NC_015061	GTG	2	6	634	639	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830734
14	NC_015061	AAC	2	6	688	693	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	322830734
15	NC_015061	TTC	2	6	790	795	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830734
16	NC_015061	CTG	2	6	811	816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830734
17	NC_015061	CAG	2	6	826	831	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830734
18	NC_015061	ATC	2	6	832	837	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830734
19	NC_015061	AGA	2	6	876	881	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830734
20	NC_015061	GCC	2	6	927	932	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830734
21	NC_015061	TGA	2	6	959	964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830734
22	NC_015061	CGA	2	6	972	977	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830734
23	NC_015061	CTT	2	6	1008	1013	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830734
24	NC_015061	TTCG	2	8	1114	1121	0 %	50 %	25 %	25 %	322830734
25	NC_015061	ATA	2	6	1172	1177	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	322830734
26	NC_015061	GCCC	2	8	1252	1259	0 %	0 %	25 %	75 %	322830734
27	NC_015061	GATGGC	2	12	1266	1277	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	322830734
28	NC_015061	ACCA	2	8	1294	1301	50 %	0 %	0 %	50 %	322830734
29	NC_015061	GGT	2	6	1330	1335	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830734
30	NC_015061	GAA	2	6	1387	1392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830734
31	NC_015061	AGA	2	6	1407	1412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830734
32	NC_015061	TTG	2	6	1461	1466	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	322830735
33	NC_015061	AGT	2	6	1502	1507	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830735
34	NC_015061	GAC	2	6	1518	1523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830735
35	NC_015061	TTA	2	6	1550	1555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	322830735
36	NC_015061	GC	3	6	1569	1574	0 %	0 %	50 %	50 %	322830735
37	NC_015061	TGG	2	6	1608	1613	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830735
38	NC_015061	CCA	2	6	1650	1655	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	322830735
39	NC_015061	CGA	2	6	1807	1812	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830735
40	NC_015061	CGTT	2	8	1900	1907	0 %	50 %	25 %	25 %	322830735
41	NC_015061	ATT	2	6	1908	1913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	322830735
42	NC_015061	GAA	2	6	1943	1948	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830735
43	NC_015061	CGAC	2	8	1962	1969	25 %	0 %	25 %	50 %	322830735
44	NC_015061	GCA	2	6	2106	2111	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830735
45	NC_015061	CGC	2	6	2183	2188	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830735
46	NC_015061	GCAG	2	8	2218	2225	25 %	0 %	50 %	25 %	322830735
47	NC_015061	AGA	2	6	2356	2361	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830735
48	NC_015061	CAGT	2	8	2509	2516	25 %	25 %	25 %	25 %	322830735
49	NC_015061	CGG	2	6	2517	2522	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830735
50	NC_015061	GGC	2	6	2723	2728	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830736
51	NC_015061	GGTC	2	8	2762	2769	0 %	25 %	50 %	25 %	322830736
52	NC_015061	CGG	2	6	2906	2911	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830736
53	NC_015061	TGC	2	6	3013	3018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830736
54	NC_015061	CGG	2	6	3059	3064	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830736
55	NC_015061	CGG	2	6	3075	3080	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830736
56	NC_015061	GTT	2	6	3097	3102	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	322830736
57	NC_015061	TCA	2	6	3104	3109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830736
58	NC_015061	T	7	7	3119	3125	0 %	100 %	0 %	0 %	322830736
59	NC_015061	AGC	2	6	3157	3162	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830736
60	NC_015061	CGC	2	6	3167	3172	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830736
61	NC_015061	GC	3	6	3301	3306	0 %	0 %	50 %	50 %	322830736
62	NC_015061	TTTC	2	8	3334	3341	0 %	75 %	0 %	25 %	322830736
63	NC_015061	TG	3	6	3514	3519	0 %	50 %	50 %	0 %	322830736
64	NC_015061	GCGG	2	8	3559	3566	0 %	0 %	75 %	25 %	322830736
65	NC_015061	TCT	2	6	3578	3583	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830736
66	NC_015061	CCGA	2	8	3610	3617	25 %	0 %	25 %	50 %	322830736
67	NC_015061	GCTG	2	8	3626	3633	0 %	25 %	50 %	25 %	322830736
68	NC_015061	ATG	2	6	3699	3704	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830736
69	NC_015061	CTC	2	6	3804	3809	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	322830737
70	NC_015061	CAC	2	6	3895	3900	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	322830737
71	NC_015061	CGA	2	6	3930	3935	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830737
72	NC_015061	GAT	2	6	4003	4008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830737
73	NC_015061	GAA	2	6	4036	4041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830737
74	NC_015061	CTG	2	6	4052	4057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
75	NC_015061	TTC	2	6	4076	4081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830737
76	NC_015061	TGG	2	6	4086	4091	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830737
77	NC_015061	CGA	2	6	4098	4103	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830737
78	NC_015061	CGG	2	6	4122	4127	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830737
79	NC_015061	CGT	2	6	4149	4154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
80	NC_015061	CCG	2	6	4188	4193	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830737
81	NC_015061	CA	3	6	4321	4326	50 %	0 %	0 %	50 %	322830737
82	NC_015061	CTG	2	6	4399	4404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
83	NC_015061	AACAAA	2	12	4474	4485	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	322830737
84	NC_015061	ATCC	2	8	4492	4499	25 %	25 %	0 %	50 %	322830737
85	NC_015061	GTTGC	2	10	4546	4555	0 %	40 %	40 %	20 %	322830737
86	NC_015061	ATG	2	6	4562	4567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830737
87	NC_015061	CAA	2	6	4596	4601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	322830737
88	NC_015061	AAG	2	6	4682	4687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830737
89	NC_015061	TCT	2	6	4810	4815	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830737
90	NC_015061	TGA	2	6	4841	4846	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830737
91	NC_015061	TGG	2	6	4856	4861	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830737
92	NC_015061	ATC	2	6	4909	4914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830737
93	NC_015061	GC	4	8	4921	4928	0 %	0 %	50 %	50 %	322830737
94	NC_015061	AGC	2	6	4935	4940	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830737
95	NC_015061	CCG	2	6	4962	4967	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830737
96	NC_015061	CTGG	2	8	4984	4991	0 %	25 %	50 %	25 %	322830737
97	NC_015061	GCGG	2	8	5068	5075	0 %	0 %	75 %	25 %	322830737
98	NC_015061	CCGTAA	2	12	5091	5102	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	322830737
99	NC_015061	GC	3	6	5152	5157	0 %	0 %	50 %	50 %	322830737
100	NC_015061	CT	3	6	5170	5175	0 %	50 %	0 %	50 %	322830737
101	NC_015061	CAT	4	12	5262	5273	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830737
102	NC_015061	CA	3	6	5297	5302	50 %	0 %	0 %	50 %	322830737
103	NC_015061	TTC	2	6	5323	5328	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830737
104	NC_015061	A	6	6	5398	5403	100 %	0 %	0 %	0 %	322830737
105	NC_015061	GAT	2	6	5428	5433	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830737
106	NC_015061	TGG	2	6	5534	5539	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830737
107	NC_015061	CGT	2	6	5581	5586	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
108	NC_015061	GCT	2	6	5598	5603	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
109	NC_015061	CG	3	6	5688	5693	0 %	0 %	50 %	50 %	322830737
110	NC_015061	AGC	2	6	5708	5713	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830737
111	NC_015061	CGTG	2	8	5736	5743	0 %	25 %	50 %	25 %	322830737
112	NC_015061	AC	3	6	5788	5793	50 %	0 %	0 %	50 %	322830737
113	NC_015061	TTCA	2	8	5827	5834	25 %	50 %	0 %	25 %	322830737
114	NC_015061	GAA	2	6	5890	5895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830737
115	NC_015061	CGT	2	6	5977	5982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
116	NC_015061	ACC	2	6	6043	6048	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	322830737
117	NC_015061	AAC	2	6	6059	6064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	322830737
118	NC_015061	GCT	2	6	6100	6105	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830737
119	NC_015061	GTT	2	6	6111	6116	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	322830737
120	NC_015061	AATT	2	8	6355	6362	50 %	50 %	0 %	0 %	322830738
121	NC_015061	GCA	2	6	6395	6400	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830738
122	NC_015061	A	6	6	6420	6425	100 %	0 %	0 %	0 %	322830738
123	NC_015061	CCGT	2	8	6476	6483	0 %	25 %	25 %	50 %	322830738
124	NC_015061	TCG	2	6	6484	6489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830738
125	NC_015061	CAG	2	6	6522	6527	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830738
126	NC_015061	GTT	2	6	6532	6537	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	322830738
127	NC_015061	CAA	2	6	6548	6553	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	322830738
128	NC_015061	GC	3	6	6556	6561	0 %	0 %	50 %	50 %	322830738
129	NC_015061	ACT	2	6	6625	6630	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830738
130	NC_015061	CAC	2	6	6737	6742	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	322830738
131	NC_015061	ATG	2	6	6807	6812	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830738
132	NC_015061	TCAG	2	8	6844	6851	25 %	25 %	25 %	25 %	322830738
133	NC_015061	CTG	2	6	6856	6861	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830738
134	NC_015061	CAT	2	6	6881	6886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830738
135	NC_015061	CG	3	6	6974	6979	0 %	0 %	50 %	50 %	322830738
136	NC_015061	TGA	2	6	6988	6993	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830738
137	NC_015061	AAAC	2	8	7102	7109	75 %	0 %	0 %	25 %	322830738
138	NC_015061	GGCGT	2	10	7119	7128	0 %	20 %	60 %	20 %	322830738
139	NC_015061	CGTC	2	8	7276	7283	0 %	25 %	25 %	50 %	322830739
140	NC_015061	GC	3	6	7371	7376	0 %	0 %	50 %	50 %	322830739
141	NC_015061	GTG	2	6	7385	7390	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830739
142	NC_015061	TCA	2	6	7471	7476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830739
143	NC_015061	CG	4	8	7504	7511	0 %	0 %	50 %	50 %	322830739
144	NC_015061	CCG	2	6	7557	7562	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830739
145	NC_015061	CA	3	6	7579	7584	50 %	0 %	0 %	50 %	322830739
146	NC_015061	CAT	2	6	7721	7726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830739
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148	NC_015061	GTG	2	6	7914	7919	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830739
149	NC_015061	GTG	2	6	7940	7945	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	322830739
150	NC_015061	ATG	2	6	7959	7964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830739
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154	NC_015061	ACT	2	6	8491	8496	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322830740
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156	NC_015061	GTC	2	6	8532	8537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830740
157	NC_015061	TTC	2	6	8588	8593	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	322830740
158	NC_015061	CG	3	6	8611	8616	0 %	0 %	50 %	50 %	322830740
159	NC_015061	AAT	2	6	8638	8643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	322830740
160	NC_015061	GCA	2	6	8650	8655	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830740
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162	NC_015061	CAG	2	6	8696	8701	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830740
163	NC_015061	AAT	2	6	8764	8769	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	322830740
164	NC_015061	CAC	2	6	8779	8784	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	322830740
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166	NC_015061	A	7	7	8823	8829	100 %	0 %	0 %	0 %	322830740
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169	NC_015061	TTTA	2	8	9302	9309	25 %	75 %	0 %	0 %	322830741
170	NC_015061	GCG	2	6	9337	9342	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830741
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172	NC_015061	GTTG	2	8	9365	9372	0 %	50 %	50 %	0 %	322830741
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176	NC_015061	GCTG	2	8	9545	9552	0 %	25 %	50 %	25 %	322830741
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200	NC_015061	TGTA	2	8	11109	11116	25 %	50 %	25 %	0 %	322830744
201	NC_015061	GTTT	2	8	11119	11126	0 %	75 %	25 %	0 %	322830744
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231	NC_015061	AAG	2	6	13023	13028	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830746
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247	NC_015061	GAAA	2	8	13823	13830	75 %	0 %	25 %	0 %	322830746
248	NC_015061	A	6	6	13828	13833	100 %	0 %	0 %	0 %	322830746
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251	NC_015061	ATG	2	6	13906	13911	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	322830746
252	NC_015061	ATT	2	6	13934	13939	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	322830746
253	NC_015061	TTA	2	6	13962	13967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	322830746
254	NC_015061	TTA	2	6	13994	13999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	322830746
255	NC_015061	CCCGTG	2	12	14012	14023	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	322830746
256	NC_015061	G	6	6	14028	14033	0 %	0 %	100 %	0 %	322830746
257	NC_015061	GAA	2	6	14035	14040	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830746
258	NC_015061	CAA	2	6	14046	14051	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	322830746
259	NC_015061	GAA	2	6	14072	14077	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	322830746
260	NC_015061	CCTTT	2	10	14094	14103	0 %	60 %	0 %	40 %	322830746
261	NC_015061	CGA	2	6	14118	14123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322830746
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263	NC_015061	AG	3	6	14203	14208	50 %	0 %	50 %	0 %	322830746
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391	NC_015061	CG	3	6	20293	20298	0 %	0 %	50 %	50 %	322830752
392	NC_015061	TCG	2	6	20339	20344	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830752
393	NC_015061	CGC	2	6	20367	20372	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	322830752
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399	NC_015061	TTG	2	6	20540	20545	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	322830752
400	NC_015061	CGG	2	6	20569	20574	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830752
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405	NC_015061	CG	3	6	20779	20784	0 %	0 %	50 %	50 %	322830752
406	NC_015061	CGT	2	6	20841	20846	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	322830752
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498	NC_015061	GCG	2	6	26080	26085	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830757
499	NC_015061	GATGCC	2	12	26116	26127	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	322830757
500	NC_015061	GGC	2	6	26154	26159	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322830757

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